Sequência de reconhecimento

uma sequência de reconhecimento é uma sequência de DNA à qual um motivo estrutural de um domínio de ligação ao DNA exibe especificidade de ligação. As sequências de reconhecimento são palíndromos.

o Fator de transcrição Sp1 por exemplo, liga as sequências 5′-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3′, onde (G/T) indica que o domínio ligará uma guanina ou timina nesta posição.

a restrição endonuclease PstI reconhece, liga e cliva a sequência 5′-CTGCAG-3′.

uma sequência de reconhecimento é diferente de um site de reconhecimento. Uma determinada sequência de reconhecimento pode ocorrer uma ou mais vezes, ou não, em um fragmento de DNA específico. Um site de reconhecimento é especificado pela posição do site. Por exemplo, existem dois locais de reconhecimento PstI no seguinte fragmento de sequência de DNA, começando na base 9 e 31, respectivamente. Uma sequência de reconhecimento é uma sequência específica, geralmente muito curta (menos de 10 bases). Dependendo do grau de especificidade da proteína, uma proteína de ligação ao DNA pode se ligar a mais de uma sequência específica. Para PstI, que tem uma especificidade de sequência única, é 5′-CTGCAG-3′. É sempre o mesmo se no primeiro local de reconhecimento ou no segundo na seguinte sequência de exemplo. Para Sp1, que tem especificidade de sequência múltipla (16) Como mostrado acima, os dois locais de reconhecimento no seguinte fragmento de sequência de exemplo estão em 18 e 32, e suas respectivas sequências de reconhecimento são 5′-GGGGCGGAGC-3′ e 5′-TGGGCGGAAC-3′.

5′-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGGGGGAGCTAGGCAGGCAGGAATTGGGCGGAACCT-3 ‘

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