Sequenza di riconoscimento

Una sequenza di riconoscimento è una sequenza di DNA a cui un motivo strutturale di un dominio di legame del DNA presenta specificità di legame. Le sequenze di riconoscimento sono palindromi.

Il fattore di trascrizione Sp1, ad esempio, lega le sequenze 5′-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3′, dove (G/T) indica che il dominio legherà una guanina o timina in questa posizione.

L’endonucleasi di restrizione PstI riconosce, lega e fende la sequenza 5 ‘-CTGCAG-3’.

Una sequenza di riconoscimento è diversa da un sito di riconoscimento. Una data sequenza di riconoscimento può verificarsi una o più volte, o per niente, su uno specifico frammento di DNA. Un sito di riconoscimento è specificato dalla posizione del sito. Ad esempio, ci sono due siti di riconoscimento PstI nel seguente frammento di sequenza di DNA, a partire dalla base 9 e 31 rispettivamente. Una sequenza di riconoscimento è una sequenza specifica, di solito molto breve (meno di 10 basi). A seconda del grado di specificità della proteina, una proteina legante il DNA può legarsi a più di una sequenza specifica. Per PstI, che ha una singola specificità di sequenza, è 5 ‘-CTGCAG-3′. È sempre lo stesso se al primo sito di riconoscimento o il secondo nella seguente sequenza di esempio. Per Sp1, che ha una specificità di sequenza multipla (16) come mostrato sopra, i due siti di riconoscimento nel seguente frammento di sequenza di esempio sono a 18 e 32 e le loro rispettive sequenze di riconoscimento sono 5′-GGGGCGGAGC-3′ e 5′-TGGGCGGAAC-3’.

5′-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGCGGAGCTAGGCTGCAGGAATTGGGCGGAACCT-3′

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