PLOS ONE

Vita

ebben a tanulmányban arról számolunk be, hogy az összevont mintaelemzési stratégia, ha a covid-19 kialakulóban lévő kitörésének forgatókönyvében alkalmazzák, jelentősen csökkenti a laboratóriumi fordulási időt és a reagensigényt a veszélyeztetett diagnosztikai érzékenység árán. Az ebben a tanulmányban vizsgált egyének 4,8% – os jelentett prevalenciáján az összesített mintastratégia NPV-je 96 körül volt%; ez azt sugallja, hogy a fertőzött esetek hiányozhatnak, és kockáztatják a nem diagnosztizált egyének közösségi átvitelét. Különösen egyetlen fertőzött egyén jelenléte viszonylag alacsony vírusterheléssel (Ct értéke 34), 5-ös készletben valószínűleg kimaradt az összesített mintaelemzés során. Ennek egyik oka lehet A minta hígítása az alkalmazott vizsgálat kimutatási határán túl.

mivel a PCR-pozitivitás a nettó vírusterhelés függvénye az összevont mintában megértjük, hogy az összevonási stratégia mint érzékeny szűrőeszköz sikere függ a fertőzött betegek számától a medencében és a vírusterhelés az egyes mintákban. Míg az utóbbit valószínűleg olyan gazdaspecifikus tényezők befolyásolják, mint az immunrendszer kompetencia, társbetegségek és életkor, az előbbi valószínűleg tükrözi a fertőzés háttérprevalenciáját a közösségben. Míg az összevont mintavételezés a költséghatékonyság és az időben történő jelentéstétel előnyeit kínálja, a stratégia kevésbé hasznos azokban a közösségekben, ahol a betegség előfordulása magas. A megnövekedett prevalenciával a pozitív poolok száma valószínűleg növekedni fog, és több poolt kell dekonvolálni a pozitív egyének azonosítása érdekében, amelyek elutasítják az olyan előnyöket, mint a költség-és időmegtakarítás. Ezenkívül a betegség prevalenciájának növekedésével a betegség diagnosztikai tesztjének NPV-je csökken, ami magasabb hamis negatív eredményekhez vezet. Ezen előfeltevés alapján a nemzeti tanácsadók 5 mintakészlet tesztelését javasolták a COVID-19 számára. azokban a közösségekben, ahol a prevalencia legfeljebb 5% . Adataink azonban azt tükrözik, hogy nincs robusztus kapcsolat az előbbi faktor és az összevont minta Ct értéke között; így a vírustiterek nagyobb szerepére utal az egyes mintákban a PCR eredmények befolyásolásában. Az összevont mintaelemzési stratégia viszonylag alacsony érzékenysége és az ebből eredő negatív prediktív értéke arra utal, hogy gyengesége hatékony szűrőeszköz a COVID-19 diagnózisának megbízható “kizárásában”. Vizsgálatunkban az összevont mintavétel hamis negatív eredményekhez vezetett az 4 545 beteg közül; akik mind az ismert COVID-19 betegek közvetlen háztartási kapcsolatai voltak, ketten közülük klinikailag tünetesek voltak köhögéssel, torokfájással és lázzal. Annak ellenére, hogy klinikailag és epidemiológiailag szuggesztív, a 4 beteg közül háromnak 34 feletti Ct-értéke volt; ezáltal arra utal, hogy az összevont elemzés valószínűleg hiányzik az alacsony vírusterhelésű minták kimutatásából. Az elmulasztott esetek észlelésének ezek az esetei a fertőzés nem észlelt forrásokból történő közösségi átvitelének kockázatát jelentik.

a szarvasmarhafélék vírusos hasmenésvírusának, valamint a sertés reprodukciós és légzőszervi szindróma vírusának megfigyelésére szolgáló összevont mintavizsgálatok hasznosságát értékelő korábbi vizsgálatok azt mutatták, hogy az RT-PCR-vizsgálatok érzékenysége csökkent, ha összevont mintákon futtatják, a hígító hatás miatt . Egy nemrégiben közzétett tanulmányban Lohse et al., kimutatták, hogy legfeljebb 30 minta összevonása képes kimutatni az E gént és az S gént, és az egyéni pozitív minta és az összevont minta Ct-értékei közötti különbség legfeljebb 5 volt. A szerzők által idézett egyik ok, amiért nem hiányzik egy pozitív egyedi minta az összesített vizsgálatból, a pozitív egyedi minták magas vírustitere lehet, mivel az egyes minták Ct-je 18-30 között mozgott. A Ct-értékkel rendelkező egyedi mintákat 34 pozitívnak detektáltuk ebben a vizsgálatban, mivel a szerzők 45-ös határértéket használtak .

az egyénre szabott teszteken negatív mintákból létrehozott 93 pool közül 92 negatív volt az összesített elemzésen, egy pool pedig pozitív volt 33,3 Ct-vel az Orf1ab gén esetében. Dekonvolúció esetén azonban a készletben lévő 5 alkotó minta mindegyike negatívnak bizonyult. Megfigyeltük, hogy ez a medence 3 súlyos akut légúti fertőzésben szenvedő betegből áll. Feltételezzük, hogy a PCR amplifikáció nem specifikus inhibitorai, a vírus genomiális célpontjának együttélése ezen betegek bármelyikében elnyomhatta az alacsony szintű víruscél amplifikációját az egyes mintákban a kimutatható küszöbön túl. A minták összevonása potenciálisan hígíthatja ezeket az inhibitorokat, és kimutatható jelhez vezethet, viszonylag késleltetett Ct-vel a poled analízis során. Egy nemrégiben készült tanulmányban Hogan és munkatársai hasonló megfigyelést tettek, miközben értékelték az összevont minta tesztelési stratégia hasznosságát a SARS-CoV-2 közösségi átvitelének kimutatására San Francisco Bay Area, CA, USA. Az egyik medence pozitív volt a vizsgálat során, azonban, dekonvolúció esetén az összes egyedi minta negatívnak bizonyult .

tanulmányunk számos korlátozást szenvedett. Eltekintve attól, hogy viszonylag kicsi a mintaméret, amint azt fentebb említettük, a 3 körzetnek nem volt hasonló háttérprevalenciája. Ezért a diagnosztikai jellemzők, mint a pozitív és a negatív prediktív értékek valószínűleg eltérnek a körzetek között. Ezenkívül az egymást követő minták összevonását elvégezték a vizsgálatban. Míg a fertőzött esetek családtagjai valószínűleg ugyanabba a csoportba tartoztak, ami csökkenthette a hamis negatív eredmények lehetőségét. a véletlenszerű összevonás stratégiájának elfogadása a fertőzött egyének eltérő arányához vezethet a medencékben, amelynek hatását a tanulmány nem vizsgálta. Nem voltak olyan medencéink sem, amelyekben több fertőzött minta Ct-értéke 34 volt, ezért az ilyen medencék diagnosztikai teljesítményét nem lehetett értékelni.

ezért arra a következtetésre jutunk, hogy bár az összevonási stratégia alternatíva lehet az erőforrás-korlátozott körülmények között, túlterhelt laboratóriumi infrastruktúrával, elfogadása hiányozhatott az alacsony vírusterhelésű, egyetlen fertőzött egyedekkel rendelkező medencék kimutatása. Tanulmányunk, amely valószínűleg az első jelentés a COVID-19 kitörések megjelenésének korai szakaszában tapasztalható területeken végzett összevont tesztelésről, azt mutatja, hogy 15.A fertőzött medencék 4% – át kihagyhatja ez a stratégia. Ezért ajánlott, hogy az összevont mintavizsgálati stratégia, mint költséghatékony szűrőeszköz elfogadása a terjedés korai elszigetelésére a feltörekvő kitörések esetén, a COVID-19 előfordulásához kell igazítani az érintett földrajzi területen.

Vélemény, hozzászólás?

Az e-mail-címet nem tesszük közzé.