Séquence de reconnaissance

Une séquence de reconnaissance est une séquence d’ADN à laquelle un motif structurel d’un domaine de liaison à l’ADN présente une spécificité de liaison. Les séquences de reconnaissance sont des palindromes.

Le facteur de transcription Sp1 par example, lie les séquences 5′-(G/T) GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T) -3′, où (G/T) indique que le domaine va lier une guanine ou une thymine à cette position.

L’endonucléase de restriction PstI reconnaît, lie et clive la séquence 5′-CTGCAG-3′.

Une séquence de reconnaissance est différente d’un site de reconnaissance. Une séquence de reconnaissance donnée peut se produire une ou plusieurs fois, ou pas du tout, sur un fragment d’ADN spécifique. Un site de reconnaissance est spécifié par la position du site. Par exemple, il existe deux sites de reconnaissance PstI dans le fragment de séquence d’ADN suivant, commençant respectivement en base 9 et 31. Une séquence de reconnaissance est une séquence spécifique, généralement très courte (moins de 10 bases). Selon le degré de spécificité de la protéine, une protéine se liant à l’ADN peut se lier à plus d’une séquence spécifique. Pour PstI, qui a une spécificité de séquence unique, c’est 5′-CTGCAG-3′. C’est toujours la même chose que ce soit au premier site de reconnaissance ou au second dans l’exemple suivant. Pour Sp1, qui a une spécificité de séquence multiple (16) comme illustré ci-dessus, les deux sites de reconnaissance dans l’exemple de fragment de séquence suivant sont en 18 et 32, et leurs séquences de reconnaissance respectives sont 5′-GGGGCGGAGC-3′ et 5′-TGGGCGGAAC-3′.

5′-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGAGCTAGGCTGCAGGAATTGGGCGGAACCT-3′

Laisser un commentaire

Votre adresse e-mail ne sera pas publiée.