Rencontrez Ankit Patel, développeur d’essais QuantiGene™ chez Thermo Fisher Scientific

Plus: 6 conseils pour les essais QuantiGene

Lorsque vous souhaitez un dosage capable de détecter les acides nucléiques, vous choisirez probablement les dosages Invitrogen ™ ProcartaPlex ™ et QuantiGene™ Plex de haute qualité de Thermo Fisher Scientific, un partenaire de Luminex. Le dosage du QuantiGène utilise la technologie de l’ADN ramifié (bDNA), s’appuyant sur l’amplification du signal au lieu de l’amplification cible pour une quantification optimale des transcrits. L’un des scientifiques à l’origine de la conception et du développement du dosage du QuantiGène est Ankit Patel, scientifique des services de bioinformatique chez Thermo Fisher. Nous l’avons rencontré pour en savoir plus sur son travail et les analyses qu’il développe.

Q: Que faites-vous chez Thermo Fisher?

Ankit Patel: Je décrirais mon rôle principal en tant que services de bioinformatique, où nous travaillons directement avec les distributeurs, les ventes, le marketing et / ou les clients pour aider à concevoir de nouveaux tests. Les clients nous approcheront avec leurs projets, et nous travaillons avec eux pour développer le meilleur dosage possible pour répondre à leurs questions expérimentales, y compris la conception de sondes oligo ADN à utiliser dans le dosage. Les oligos constituent la partie dynamique du test, et les oligos sont conçus pour détecter spécifiquement les gènes cibles d’intérêt. Je travaille avec la technologie bDNA depuis 15 ans.

Q : Parlez-moi de votre parcours professionnel. Avez-vous toujours soutenu les dosages QuantiGène? Je sais qu’Affymetrix et Panomics étaient à l’origine de ce produit.

AP: C’était mon premier travail en dehors de l’université. J’ai été embauché par Genospectra à Fremont, en Californie, la ville où j’ai grandi. Genospectra a fusionné avec Panomics, qui a ensuite fusionné avec Affymetrix, qui a ensuite racheté eBioscience and puis nous avons été rachetés par Thermo Fisher Scientific. Près de 15 ans plus tard, me voici toujours dans les services de bioinformatique.

Q : Qu’est-ce qui vous plaît le plus dans votre rôle actuel?

AP: Chaque jour est un jour différent. Il y a beaucoup de variété dans mon rôle, ce qui garde les choses fraîches. Je travaille également directement avec les clients, ce qui me permet d’entendre et de voir beaucoup d’idées de pointe dans notre industrie.

Q : Qu’est-ce qu’une initiative ou un projet dont vous êtes particulièrement fier?

AP: Il est difficile de le réduire à un seul! Monsanto a utilisé notre dosage lors de ses tests sur un ARN double brin introduit dans le maïs pour aider à sauver les abeilles.

Q: Qu’est-ce que la plupart des gens ne savent pas d’un produit, d’un instrument ou d’un service QuantiGene?

AP: La vraie beauté du test est qu’il n’est pas nécessaire de purifier l’ARN ou l’ADN cible, et il fonctionne avec des échantillons classiques difficiles tels que des échantillons de tissus FFPE. De plus, il s’agit d’un dosage très robuste et très précis. Nous avons également des solutions pour le criblage à haut débit, et QuantiGene est la solution idéale pour le criblage secondaire des composés qui ciblent les gènes.

Q : Quelles sont les tendances actuelles en matière de recherche ou de clinique dans l’industrie qui vous enthousiasment?

AP: L’hépatite B est intensément étudiée ces jours—ci, et nous avons créé des solutions pour le monde de la recherche afin de mieux comprendre comment traiter — voire, espérons-le, guérir un jour – un patient atteint de ce virus, qui est épidémique dans de nombreuses régions du monde.

Q: Si vous pouviez résoudre un défi scientifique ou une crise de santé humaine, quel serait-il?

AP: Pour la santé humaine, je dirais de meilleures thérapies pour les diabétiques. Je suis né ici aux États-Unis, mais mon origine ethnique est indienne, et de nombreux membres de notre communauté et de ma famille luttent contre cette maladie ainsi que contre d’autres syndromes métaboliques.

Q: Quelle est votre activité préférée en dehors du travail?

AP: En tant que père de deux petits bambins, le temps libre est difficile à trouver. Chaque fois que je peux, j’aime simplement lever les pieds et me détendre un peu, regarder le football ou assister à des matchs.

6 Conseils pour les dosages de QuantiGène

Travailler avec des dosages de QuantiGène Plex? Patel a offert ces conseils aux utilisateurs:

  1. Le client aura une ligne directe vers l’équipe de bioinformatique pour travailler sur la liste des panneaux et les demandes de conception spéciales. Nous gérons tous les designs oligo. C’est un service complet.
  2. Il est utile d’utiliser plusieurs gènes de référence / d’entretien dans votre panel pour une normalisation plus robuste des données, au cas où l’un d’eux serait affecté par un traitement ou une affection.
  3. Ne vous inquiétez pas de purifier l’ARN. Les dosages de QuantiGène fonctionnent directement à partir de lysats ou d’homogénats et fonctionnent particulièrement bien avec des échantillons difficiles, tels que des coupes de tissus FFPE.
  4. Assurez-vous d’avoir le bon équipement: instrument Luminex, four d’hybridation, lave-plaques magnétiques, etc.
  5. Soyez prêt pour toutes les données. Vous pouvez mesurer jusqu’à 80 gènes simultanément, il y a donc beaucoup d’informations à acquérir.
  6. Si vous ne savez pas quelles cibles vous souhaitez inclure dans votre panel personnalisé, nous avons un outil de recherche de parcours dans notre configurateur de panel en ligne pour vous aider. Vous pouvez également commencer par l’un de nos panels prédéfinis composés de cibles génétiques soigneusement sélectionnées spécifiques à une maladie, une voie ou un domaine de recherche particulier.

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