PLOS ONE

Keskustelu

tässä tutkimuksessa raportoimme, että yhdistetyn näytteen analysointistrategia, jos sitä sovelletaan uuden COVID-19-taudin puhkeamisen skenaariossa, vähentää merkittävästi laboratorion kääntymisaikaa ja reagenssitarvetta vaarantuneen diagnostisen herkkyyden kustannuksella. Tässä tutkimuksessa testatuista henkilöistä 4, 8%: n raportoidulla esiintyvyydellä yhdistetyn otosstrategian NPV oli noin 96%; mikä viittaa mahdollisuus puuttuu tartunnan tapauksissa ja riskeeraa yhteisön lähetyksen diagnosoimattomien yksilöiden. Erityisesti yksittäisen infektoituneen henkilön, jolla oli suhteellisen alhainen viruskuorma (Ct-arvo ≥ 34), esiintyminen 5-poolissa jäi todennäköisesti väliin yhdistetyssä näytteanalyysissä. Yksi syy tähän voisi olla näytteen laimentaminen yli käytetyn määrityksen havaitsemisrajan.

koska PCR-positiivisuus on yhdistetyn näytteen nettoviruskuorman funktio, ymmärrämme, että yhdistämisstrategian onnistuminen herkkänä seulontavälineenä riippuu tartunnan saaneiden potilaiden määrästä poolissa ja viruskuormasta yksittäisissä näytteissä. Vaikka viimeksi mainittuun vaikuttavat todennäköisesti isäntäkohtaiset tekijät, kuten immuunikyky, liitännäissairaudet ja ikä, edellinen todennäköisesti kuvastaa infektioiden esiintyvyyttä yhteisössä. Vaikka yhdistettyjen näytteiden testauksen etuna on kustannustehokkuus ja oikea-aikainen raportointi, strategiasta tulee vähemmän hyödyllinen yhteisöissä, joissa taudin esiintyvyys on korkea. Kun esiintyvyys on lisääntynyt, positiivisten poolien määrä todennäköisesti kasvaa ja lisää pooleja puretaan positiivisten yksilöiden tunnistamiseksi, jotka kieltävät edut, kuten kustannukset ja ajansäästö. Lisäksi taudin esiintyvyyden kasvaessa taudin diagnostisen testin nettonykyarvo pienenee, mikä johtaa suurempiin vääriin negatiivisiin tuloksiin. Tähän olettamukseen perustuen kansalliset neuvonantajat ovat ehdottaneet viiden COVID-19-taudin näytteen testaamista. yhteisöissä, joissa esiintyvyys on jopa 5% . Tietomme kuitenkin kuvastavat sitä, että edellisen tekijän ja yhdistetyn näytteen Ct-arvon välillä ei ole vankkaa suhdetta, mikä viittaa yksittäisten näytteiden virustittereiden suurempaan rooliin PCR-tuloksiin vaikuttamisessa. Yhdistetyn näytteen analyysistrategian suhteellisen alhainen herkkyys ja siitä johtuva negatiivinen ennakoiva arvo viittaavat sen heikkouteen tehokkaana seulontavälineenä COVID-19-diagnoosin luotettavasti ”poissulkemisessa”. Tutkimuksessamme yhdistetty näytteenotto johti vääriin negatiivisiin tuloksiin 4 potilaalla 545 potilaasta; kaikki olivat tunnettujen COVID-19-potilaiden suoria kotitalouskontakteja ja kaksi heistä oireili kliinisesti yskällä, kurkkukivulla ja kuumeella. Kliinisestä ja epidemiologisesta vihjailusta huolimatta kolmella näistä neljästä potilaasta Ct-arvot olivat yli 34, mikä viittaa siihen, että yhdistetyssä analyysissä todennäköisesti jää havaitsematta näytteitä, joiden viruskuorma on alhainen. Nämä tapaukset, joissa tapaus on jäänyt havaitsematta, aiheuttavat riskin tartunnan leviämisestä yhteisöön havaitsemattomista lähteistä.

aiemmat tutkimukset, joissa arvioitiin yhdistettyjen näytteiden testauksen hyödyllisyyttä naudan virusripuliviruksen ja sikojen lisääntymis-ja hengitystieoireyhtymäviruksen valvonnassa, osoittivat, että RT-PCR-testien herkkyys heikkeni, kun niitä tehtiin yhdistetyille näytteille laimennusvaikutuksen vuoksi . Hiljattain julkaistussa tutkimuksessa Lohse et al., osoitti, että enintään 30 näytteen yhdistämisellä voitiin havaita E-geeni ja S-geeni, ja yksittäisen positiivisen näytteen ja yhdistetyn näytteen Ct-arvojen ero oli enintään 5. Yksi syy siihen, miksi yksittäinen näyte ei puuttunut yhdistetystä määrityksestä, voi olla positiivisten yksittäisten näytteiden korkeat viruspitoisuudet, koska yksittäisten näytteiden TT-arvot vaihtelivat 18: sta 30: een. Yksittäiset näytteet, joiden Ct-arvo oli 34, todettiin tässä tutkimuksessa positiivisiksi, koska tekijät käyttivät cut-off-arvoa 45 .

niistä 93 poolista, jotka luotiin yksilöllisessä testauksessa negatiivisista näytteistä, 92 poolista oli negatiivinen yhdistetyssä analyysissä ja yksi pooli, jossa Orf1ab-geenin Ct oli 33, 3. Dekonvoluution osalta jokainen kyseisen altaan viidestä ainesosanäytteestä osoittautui kuitenkin negatiiviseksi. Huomasimme, että tämä allas koostuu 3 potilasta, joilla on vakava akuutti hengitystieinfektio. Oletamme, että PCR: n vahvistuksen epäspesifiset estäjät, jotka yhdessä asuttavat viruksen genomikohdetta kaikilla näillä potilailla, ovat saattaneet tukahduttaa matalan viruskohdan vahvistuksen yksittäisissä näytteissä yli havaittavan kynnyksen. Näytteiden yhdistäminen voisi mahdollisesti laimentaa näitä inhibiittoreita ja johtaa havaittavaan signaaliin Poled-analyysissä suhteellisen viivästyneellä Ct-menetelmällä. Tuoreessa tutkimuksessa Hogan ja työtoverit tekivät samanlaisen havainnon arvioidessaan yhdistetyn näytteen testausstrategian hyödyllisyyttä SARS-CoV-2: n yhteisössä tapahtuvan leviämisen havaitsemiseksi San Franciscon Bay Areassa CA: ssa Yhdysvalloissa. Yksi pooleista oli positiivinen tutkimuksessaan, mutta dekonvoluution jälkeen kaikki yksittäiset näytteet olivat negatiivisia .

tutkimuksemme kärsi useista rajoitteista. Sen lisäksi, että otos oli suhteellisen pieni, kuten edellä mainittiin, näillä kolmella piirillä ei ollut samanlaista esiintyvyyttä taustallaan. Siksi diagnostiset ominaisuudet, kuten positiiviset ja negatiiviset ennustearvot, ovat todennäköisesti erilaisia piirien välillä. Lisäksi tutkimuksessa yhdistettiin peräkkäisiä näytteitä. Tartunnan saaneiden perheenjäsenet olivat todennäköisesti mukana samassa poolissa, mikä on saattanut vähentää väärien negatiivisten tulosten mahdollisuutta. satunnaispoolistrategian omaksuminen voisi johtaa siihen, että altaissa olisi eri määrä tartunnan saaneita, joiden vaikutusta ei tutkimuksessa selvitetty. Meillä ei myöskään ollut altaita, joissa useiden tartunnan saaneiden näytteiden Ct-arvot olivat ≥ 34, joten tällaisten altaiden diagnostista suorituskykyä ei voitu arvioida.

tästä syystä päätämme, että vaikka yhdistämisstrategia voisi olla vaihtoehto resurssirajoitteisissa olosuhteissa, joissa laboratorioinfrastruktuuri on ylikuormittunut, sen hyväksyminen voisi jättää havaitsematta poolit, joissa on yksittäisiä tartunnan saaneita henkilöitä, joilla on alhainen viruskuorma. Tutkimuksemme, joka on todennäköisesti ensimmäinen raportti kootuista testeistä alueilla, joilla on COVID-19-taudin puhkeamisen alkuvaihe, osoittaa, että 15.4% tartunnan altaista voisi jäädä tämän strategian. Sen vuoksi suositellaan, että yhdistettyjen näytteiden testausstrategia, joka on kustannustehokas seulontaväline tartuntojen hillitsemiseksi varhaisessa vaiheessa uusissa taudinpurkauksissa, olisi räätälöitävä COVID-19: n esiintyvyyden mukaan kyseisellä maantieteellisellä alueella.

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.