Meet Ankit Patel, QuantiGene™ – määrityksen Kehittäjä Thermo Fisher Scientificissä

Plus: 6 vinkkiä QuantiGene-määrityksiin

kun haluat nukleiinihappoja tunnistavan määrityksen, valitset todennäköisesti korkealaatuiset Invitrogen™ ProcartaPlex™ – ja QuantiGene™ Plex-määritykset Thermo Fisher Scientificiltä, Luminex-kumppanilta. Kvantigeenimäärityksessä käytetään haaroittunutta DNA: ta (bDNA), joka perustuu signaalin vahvistamiseen kohdevahvistuksen sijaan transkriptien optimaaliseen kvantitointiin. Yksi quantigene-määrityksen suunnittelun ja kehittämisen takana olevista tutkijoista on Thermo Fisherin bioinformatiikkapalvelujen tutkija Ankit Patel. Saimme hänet kiinni oppiaksemme lisää hänen työstään ja hänen kehittämistään testeistä.

Q: Mitä teet Thermo Fisherillä?

Ankit Patel: kuvailisin ensisijaista rooliani bioinformatiikkapalveluna, jossa työskentelemme suoraan jakelijoiden, myynnin, markkinoinnin ja/tai asiakkaiden kanssa auttaaksemme uusien määritysten suunnittelussa. Asiakkaat lähestyvät meitä projekteissaan, ja työskentelemme heidän kanssaan kehittääksemme parhaan mahdollisen määrityksen, jolla voidaan vastata heidän kokeellisiin kysymyksiinsä, mukaan lukien DNA-oligokoettimien suunnittelu määrityksessä käytettäviksi. Oligot ovat määrityksen dynaaminen osa, ja oligot on suunniteltu erityisesti havaitsemaan kiinnostavat kohdegeenit. Olen työskennellyt bDNA teknologian kanssa 15 vuotta.

Q: kerro ammattimatkastasi. Oletko aina tukenut QuantiGene-määrityksiä? Tiedän, että Affymetrix ja Panomics olivat tämän tuotteen alkuunpanijoita.

AP: Tämä oli ensimmäinen työpaikkani collegen jälkeen. Genospectra palkkasi minut Fremontista Kaliforniasta, jossa vartuin. Genospectra yhdistyi Panomicsiin, joka sitten yhdistyi Affymetrixiin, joka sitten osti ebiosciencen ja sitten Thermo Fisher Scientific osti meidät. Melkein 15 vuotta myöhemmin olen yhä bioinformatiikan parissa.

K: Mistä pidät nykyisessä roolissasi eniten?

ap: jokainen päivä on eri päivä. Roolissani on paljon vaihtelua, mikä pitää asiat raikkaina. Saan myös työskennellä suoraan asiakkaiden kanssa, joten saan kuulla ja nähdä paljon alan huippuideoita.

K: Mikä on aloite tai projekti, josta olet erityisen ylpeä?

ap: sitä on vaikea rajata vain yhteen! Monsanto käytti määritystämme testatessaan kaksijuosteista RNA: ta, jota lisätään maissiin mehiläisten pelastamiseksi.

K: Mitä suurin osa ihmisistä ei tiedä QuantiGene-tuotteesta, soittimesta tai palvelusta?

AP: Määrityksen todellinen kauneus on siinä, että kohde-RNA: ta tai DNA: ta ei tarvitse puhdistaa, ja se toimii klassisesti vaikeiden näytteiden, kuten FFPE-kudosnäytteiden, kanssa. Lisäksi se on erittäin vankka ja erittäin tarkka määritys. Meillä on myös ratkaisuja suurikapasiteettiseen seulontaan, ja QuantiGene on ihanteellinen ratkaisu sekundaariseen seulontaan yhdisteille, jotka kohdistuvat geeneihin.

K: Mistä alan tämänhetkisistä tutkimuksista tai kliinisistä trendeistä olet innoissasi?

AP: B-hepatiittia tutkitaan nykyään intensiivisesti, ja olemme luoneet tutkimusmaailmalle ratkaisuja, joiden avulla voimme paremmin ymmärtää, miten hoitaa—tai toivottavasti jopa jonain päivänä parantaa—potilasta, jolla on tämä virus, joka on epidemia monissa osissa maailmaa.

K: jos voisit ratkaista minkä tahansa tieteellisen haasteen tai ihmisten terveyskriisin, mikä se olisi?

ap: ihmisten terveydelle sanoisin parempia hoitoja diabeetikoille. Olen syntynyt täällä Yhdysvalloissa, mutta etnisyyteni on intialainen, ja on olemassa monia jäseniä yhteisömme ja perheeni, jotka kamppailevat tämän taudin sekä muiden metabolisten oireyhtymien kanssa.

K: Mikä on lempiasiasi tehdä työn ulkopuolella?

ap: kahden pienen taaperon isänä vapaa-aikaa on vaikea saada. Aina kun pystyn, nautin vain siitä, että nostan jalat pystyyn ja rentoudun hieman sekä katson jalkapalloa tai käyn peleissä.

6 Tips for QuantiGene Assays

Working with QuantiGene Plex assays? Patel tarjosi näitä vinkkejä käyttäjille:

  1. asiakkaalla on suora linja bioinformatiikan tiimiin paneelilistan ja erikoissuunnittelupyyntöjen työstämiseen. Hoidamme kaikki oligo-mallit. Se on täysi palvelu.
  2. se auttaa käyttämään useita referenssigeenejä/ kodinhoitogeenejä paneelissasi vankemman datan normalisointiin, jos jokin hoito tai tila vaikuttaa jompaankumpaan niistä.
  3. älä huolehdi minkään RNA: n puhdistamisesta. Kvantigeenimääritykset toimivat suoraan lysaateista tai homogenaateista ja toimivat erityisen hyvin vaikeiden näytteiden, kuten FFPE-kudososien, kanssa.
  4. varmista, että sinulla on oikeat varusteet: Luminex-laite, hybridisaatiouuni, magneettinen levylevy jne.
  5. Varaudu kaikkiin tietoihin. Voit mitata jopa 80 geeniä samanaikaisesti,joten saat paljon oivalluksia.
  6. jos et tiedä, mitkä kohteet haluat sisällyttää muokattuun paneeliin, meillä on verkkopaneelikonfiguraattorissamme polkuhakutyökalu, joka auttaa sinua. Vaihtoehtoisesti voit aloittaa yhdellä ennalta suunnitelluista paneeleistamme, jotka koostuvat huolellisesti kuratoiduista geenikohteista, jotka ovat ominaisia tietylle taudille, reitille tai tutkimusalueelle.

Vastaa

Sähköpostiosoitettasi ei julkaista.