PLOS ONE

Discusión

En este estudio, informamos que la estrategia de análisis de muestras agrupadas, si se aplica en el escenario de un brote emergente de COVID-19, ofrece una reducción significativa del tiempo de respuesta de laboratorio y los requisitos de reactivo a costa de una sensibilidad diagnóstica comprometida. En el punto reportado de prevalencia de 4,8% entre los individuos evaluados en este estudio, el VPN de la estrategia de muestra agrupada fue de alrededor de 96%; lo que sugiere la posibilidad de que no se detecten casos infectados y se arriesgue a la transmisión comunitaria de personas no diagnosticadas. En particular, la presencia de un solo individuo infectado con carga viral relativamente baja (valor de Tc ≥ 34), en un grupo de 5, probablemente no se observó en el análisis de muestras agrupadas. Una de las razones de esto podría ser la dilución de la muestra más allá del límite de detección del ensayo utilizado.

Dado que la positividad a la PCR es una función de la carga viral neta en la muestra agrupada, entendemos que el éxito de la estrategia de agrupación como herramienta de detección sensible dependería del número de pacientes infectados en la muestra y de la carga viral en las muestras individuales. Si bien es probable que estos últimos se vean influidos por factores específicos del huésped, como la capacidad inmunitaria, las comorbilidades y la edad, es probable que los primeros sean un reflejo de la prevalencia de la infección en la comunidad. Si bien las pruebas de muestras agrupadas ofrecen la ventaja de la rentabilidad y la presentación oportuna de informes, la estrategia se vuelve menos útil en las comunidades donde la prevalencia de la enfermedad es alta. Con el aumento de la prevalencia, es probable que aumente el número de grupos positivos y que se desconvolumen más grupos para identificar a los individuos positivos, lo que anula las ventajas, como el ahorro de tiempo y costos. Además, con el aumento de la prevalencia de una enfermedad, el VPN de la prueba de diagnóstico de la enfermedad disminuye, lo que conduce a resultados falsos negativos más altos. Sobre la base de esta premisa, los avisos nacionales han sugerido la realización de pruebas en 5 grupos de muestras para detectar la COVID-19. en comunidades con prevalencia de hasta el 5%. Sin embargo, nuestros datos reflejan la falta de una relación sólida entre el factor anterior y el valor de la Tc de la muestra agrupada; por lo tanto, implica el mayor papel de los títulos virales en muestras individuales para influir en los resultados de la PCR. La sensibilidad relativamente baja y el valor predictivo negativo resultante de la estrategia de análisis de muestras agrupadas sugieren su debilidad como herramienta de detección efectiva para «descartar» de manera confiable el diagnóstico de la COVID-19. En nuestro estudio, el muestreo conjunto arrojó resultados falsos negativos en 4 de los 545 pacientes; todos ellos eran contactos domésticos directos de pacientes conocidos con COVID-19 y dos de ellos presentaban síntomas clínicos con tos, dolor de garganta y fiebre. A pesar de ser clínica y epidemiológicamente sugerentes, tres de estos 4 pacientes tenían valores de Tc superiores a 34, lo que sugiere que es probable que el análisis conjunto no detecte muestras con baja carga viral. Estos casos de detección de casos fallidos plantean el riesgo de transmisión comunitaria de infecciones de fuentes no detectadas.

Estudios anteriores en los que se evaluó la utilidad de las pruebas de muestras agrupadas para la vigilancia del virus de la diarrea vírica bovina y del virus del síndrome reproductivo y respiratorio porcino demostraron que la sensibilidad de las pruebas RT-PCR se reducía cuando se realizaban en muestras agrupadas, debido a un efecto de dilución . En un estudio publicado recientemente, Lohse et al., demostró que la agrupación de hasta 30 muestras podía detectar los genes E y S, y la diferencia entre los valores de Tc de la muestra positiva individual y la muestra agrupada era de hasta 5. Una de las razones citadas por los autores para no perder una muestra individual positiva en el ensayo agrupado podría ser los altos títulos virales de las muestras individuales positivas, ya que la Tc de las muestras individuales varió de 18 a 30. Las muestras individuales con valor de Tc de 34 fueron detectadas como positivas en este estudio, ya que los autores utilizaron un valor de corte de 45 .

De los 93 grupos creados a partir de muestras que dieron negativo en las pruebas individualizadas, 92 fueron negativos en el análisis agrupado y un grupo dio positivo con Tc de 33,3 para el gen Orf1ab. Sin embargo, en la deconvolución, cada una de las 5 muestras constituyentes de ese conjunto dio negativo. Se observó que este grupo estaba compuesto por 3 pacientes con infección respiratoria aguda grave. Suponemos que los inhibidores inespecíficos de la amplificación de la PCR, que cohabitan la diana genómica viral en cualquiera de estos pacientes, podrían haber suprimido la amplificación de la diana viral de bajo nivel en muestras individuales más allá del umbral detectable. La agrupación de las muestras podría diluir potencialmente estos inhibidores y dar lugar a una señal detectable con una Tc relativamente retrasada en el análisis polarizado. En un estudio reciente, Hogan y sus compañeros de trabajo hicieron una observación similar al evaluar la utilidad de la estrategia de análisis de muestras agrupadas para detectar la transmisión comunitaria del SARS-CoV-2 en el Área de la Bahía de San Francisco, California, EE. Uno de los grupos fue positivo en su estudio, sin embargo, tras la deconvolución, toda la muestra individual dio negativo .

Nuestro estudio adoleció de varias limitaciones. Aparte de tener un tamaño de muestra relativamente pequeño, como se mencionó anteriormente, los 3 distritos no tenían una prevalencia de antecedentes similar. Por lo tanto, es probable que las características diagnósticas, como los valores predictivos positivos y negativos, sean diferentes entre los distritos. Además, en el estudio se realizó la agrupación de muestras consecutivas. Mientras que es probable que los familiares de los casos infectados se incluyan en el mismo grupo, lo que puede haber disminuido la posibilidad de resultados falsos negativos. la adopción de una estrategia de agrupación aleatoria podría dar lugar a una proporción diferente de individuos infectados en las agrupaciones, cuyo efecto no se exploró en el estudio. Tampoco teníamos pools en los que múltiples muestras infectadas tuvieran valores de Tc ≥ 34 y, por lo tanto, no se pudo evaluar el rendimiento diagnóstico de dichos pools.

Por lo tanto, concluimos que, aunque la estrategia de pooling podría ser una alternativa en entornos con recursos limitados y una infraestructura de laboratorio sobrecargada, su adopción podría pasar por alto la detección de poolings con individuos infectados individuales con baja carga viral. Nuestro estudio, que es probablemente el primer informe sobre pruebas conjuntas en áreas que experimentan la fase temprana de aparición de brotes de COVID-19, muestra que 15.esta estrategia podría pasar por alto el 4% de las piscinas infectadas. Por lo tanto, se recomienda que la adopción de la estrategia de análisis de muestras agrupadas, como herramienta de detección rentable para la contención temprana de la transmisión en brotes emergentes, se adapte a la prevalencia de la COVID-19 en la zona geográfica de que se trate.

Deja una respuesta

Tu dirección de correo electrónico no será publicada.