Erkennungssequenz

Eine Erkennungssequenz ist eine DNA-Sequenz, an die ein Strukturmotiv einer DNA-bindenden Domäne Bindungsspezifität aufweist. Erkennungssequenzen sind Palindrome.

Der Transkriptionsfaktor Sp1 bindet beispielsweise die Sequenzen 5′-(G/T)GGGCGG(G/A)(G/A)(C/T)-3′, wobei (G/T) angibt, dass die Domäne an dieser Position ein Guanin oder Thymin bindet.

Die Restriktionsendonuklease PstI erkennt, bindet und spaltet die Sequenz 5′-CTGCAG-3′.

Eine Erkennungssequenz unterscheidet sich von einer Erkennungsstelle. Eine gegebene Erkennungssequenz kann ein- oder mehrmals oder gar nicht an einem bestimmten DNA-Fragment auftreten. Eine Erkennungsstelle wird durch die Position der Stelle angegeben. Zum Beispiel gibt es zwei PstI-Erkennungsstellen in dem folgenden DNA-Sequenzfragment, beginnend an der Base 9 bzw. 31. Eine Erkennungssequenz ist eine spezifische Sequenz, normalerweise sehr kurz (weniger als 10 Basen). Je nach Spezifitätsgrad des Proteins kann ein DNA-bindendes Protein an mehr als eine spezifische Sequenz binden. Für PstI, das eine einzelne Sequenzspezifität aufweist, ist es 5′-CTGCAG-3′. Es ist immer gleich, ob an der ersten Erkennungsstelle oder an der zweiten in der folgenden Beispielsequenz. Für Sp1, das wie oben gezeigt eine multiple (16) Sequenzspezifität aufweist, liegen die beiden Erkennungsstellen im folgenden Beispielsequenzfragment bei 18 und 32, und ihre jeweiligen Erkennungssequenzen sind 5′-GGGGCGGAGC-3′ und 5′-TGGGCGGAAC-3′.

5′-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGCGGAGCTAGGCTGCAGGAATTGGGCGGAACCT-3′

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