Plus: 6 tipů pro QuantiGene testy
pokud chcete test, který dokáže detekovat nukleové kyseliny, pravděpodobně si vyberete vysoce kvalitní testy Invitrogen™ ProcartaPlex™ a QuantiGene™ Plex od Thermo Fisher Scientific, partnera Luminex. Test Kvantigenu používá technologii rozvětvené DNA (bDNA), která se spoléhá na zesílení signálu namísto cílového zesílení pro optimální kvantifikaci transkriptů. Jedním z vědců, kteří stojí za návrhem a vývojem testu QuantiGene, je Ankit Patel, vědec v bioinformatických službách společnosti Thermo Fisher. Dohnali jsme ho, abychom se dozvěděli více o jeho práci a testech, které vyvíjí.
otázka: co děláte v Thermo Fisher?
Ankit Patel: svou primární roli bych popsal jako bioinformatické služby, kde spolupracujeme přímo s distributory, prodejem, marketingem a/nebo zákazníky, abychom pomohli navrhnout nové testy. Klienti nás osloví se svými projekty, a pracujeme s nimi na vývoji nejlepšího možného testu pro zodpovězení jejich experimentálních otázek, včetně návrhu dna oligo sond, které budou použity v testu. Oligos jsou dynamickou částí testu a oligos jsou navrženy tak, aby specificky detekovaly cílové geny, které jsou předmětem zájmu. S technologií bDNA pracuji již 15 let.
otázka: řekněte mi o své profesionální cestě. Podporovali jste vždy testy QuantiGene? Vím, že Affymetrix a Panomics byly původci tohoto produktu.
AP: Tohle byla moje první práce na vysoké škole. Byl jsem najat Genospectrou ve Fremontu, Kalifornie, město, kde jsem vyrostl. Genospectra se sloučila s Panomikou, která se poté sloučila s Affymetrixem, který pak koupil eBioscience … a pak nás získal Thermo Fisher Scientific. Téměř 15 let později, tady jsem, stále v bioinformatických službách.
otázka: co se vám na vaší současné roli nejvíce líbí?
AP: každý den je jiný den. V mé roli je spousta rozmanitosti, což udržuje věci čerstvé. Také pracuji přímo se zákazníky, takže v našem oboru slyším a vidím spoustu špičkových nápadů.
otázka: na jakou iniciativu nebo projekt jste obzvláště hrdí?
AP: je těžké to zúžit jen na jednu! Monsanto použil náš test při testování dvouvláknové RNA, která se zavádí do kukuřice, aby pomohla zachránit včely medonosné.
otázka: Co je něco, co většina lidí neví o Kvantigenovém produktu, nástroji nebo službě?
AP: Skutečná krása testu spočívá v tom, že není třeba čistit cílovou RNA nebo DNA a pracuje s klasicky obtížnými vzorky, jako jsou vzorky tkáně FFPE. Navíc je to velmi robustní a vysoce přesný test. Máme také řešení pro vysoce výkonný screening a Quantigen je ideálním řešením pro sekundární screening sloučenin, které cílí na geny.
otázka: Jaký současný výzkum nebo klinické trendy v oboru jste nadšeni?
AP: Hepatitida B je v těchto dnech intenzivně studována a vytvořili jsme řešení pro výzkumný svět, abychom lépe porozuměli tomu, jak léčit—nebo dokonce, doufejme, jednoho dne vyléčit-pacienta s tímto virem, který je epidemický v mnoha částech světa.
otázka: Pokud byste mohli vyřešit jakoukoli vědeckou výzvu nebo krizi lidského zdraví, co by to bylo?
AP: pro lidské zdraví bych řekl lepší terapie pro diabetiky. Narodil jsem se zde v USA, ale moje etnická příslušnost je indická, a existuje mnoho členů naší komunity a mé rodiny, kteří bojují s touto nemocí a dalšími metabolickými syndromy.
otázka: Jaká je vaše oblíbená věc mimo práci?
AP: jako otec dvou malých batolat je těžké získat volný čas. Kdykoli můžu, jen si užívám vstávání nohou a trochu si odpočinu, a sledovat fotbal nebo navštěvovat hry.
6 tipů pro Kvantigenové testy
práce s kvantigenovými Plex testy? Patel nabídl tyto tipy pro uživatele:
- zákazník bude mít přímou linku do bioinformatického týmu, který bude pracovat na seznamu panelů a speciálních požadavcích na design. Řešíme všechny návrhy oligo. Je to kompletní servis.
- pomáhá používat více referenčních / úklidových genů ve vašem panelu pro robustnější normalizaci dat v případě, že jeden z nich je ovlivněn léčbou nebo stavem.
- nedělejte si starosti s čištěním jakékoli RNA. Kvantigenové testy pracují přímo z lyzátů nebo homogenátů a pracují zvláště dobře s obtížnými vzorky, jako jsou tkáňové řezy FFPE.
- ujistěte se, že máte správné vybavení: přístroj Luminex, hybridizační pec, magnetická podložka atd.
- buďte připraveni na všechna data. Můžete měřit až 80 genů současně, takže je třeba získat spoustu poznatků.
- pokud nevíte, které cíle chcete zahrnout do svého vlastního panelu, máme v našem online konfigurátoru panelů nástroj pro vyhledávání cest, který vám pomůže. Alternativně můžete začít s jedním z našich předdefinovaných panelů, které se skládají z pečlivě upravených genových cílů specifických pro konkrétní nemoc, cestu nebo oblast výzkumu.