Rozpoznávací sekvence

rozpoznávací sekvence je sekvence DNA, na kterou strukturní motiv domény vázající DNA vykazuje vazebnou specificitu. Rozpoznávací sekvence jsou palindromy.

transkripční faktor Sp1 například váže sekvence 5′-(G / T) GGGCGG(G/A) (G/A) (C/T) -3′, kde (G/T) označuje, že doména bude v této poloze vázat guanin nebo thymin.

restrikční endonukleáza PstI rozpoznává, váže a štěpí sekvenci 5′ – CTGCAG-3′.

rozpoznávací sekvence se liší od rozpoznávacího místa. Daná rozpoznávací sekvence se může objevit jednou nebo vícekrát, nebo vůbec, na specifickém fragmentu DNA. Místo rozpoznávání je určeno polohou webu. Například existují dvě rozpoznávací místa PstI v následujícím fragmentu sekvence DNA, počínaje základnou 9 a 31. Rozpoznávací sekvence je specifická sekvence, obvykle velmi krátká (méně než 10 bází). V závislosti na stupni specificity proteinu se protein vázající DNA může vázat na více než jednu specifickou sekvenci. Pro PstI, která má specificitu jediné sekvence, je to 5′ – CTGCAG-3′. Je to vždy stejné, ať už na prvním místě rozpoznávání nebo na druhém v následující ukázkové sekvenci. Pro Sp1, který má vícenásobnou (16) sekvenční specificitu, jak je uvedeno výše, jsou dvě rozpoznávací místa v následujícím příkladu sekvenčního fragmentu na 18 a 32 a jejich příslušné rozpoznávací sekvence jsou 5′-GGGGCGGAGC-3′ a 5′-TGGGCGGAAC-3′.

5′-AACGTTAGCTGCAGTCGGGGGGAGCTAGGCTGCAGGAATTGGGGGAACCT-3′

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.