PLOS ONE

diskuse

v této studii uvádíme, že strategie souhrnné analýzy vzorků, pokud je použita ve scénáři vznikajícího ohniska COVID-19, nabízí významné snížení laboratorního času obratu a požadavku na činidlo za cenu ohrožené diagnostické citlivosti. Při hlášené bodové prevalenci 4,8% mezi jedinci testovanými v této studii byla strategie NPV sdruženého vzorku kolem 96%; což naznačuje možnost chybějících infikovaných případů a riziko komunitního přenosu od nediagnostikovaných jedinců. Zejména přítomnost jediného infikovaného jedince s relativně nízkou virovou zátěží (Ct hodnota ≥ 34) ve skupině 5 byla pravděpodobně vynechána při souhrnné analýze vzorků. Jedním z důvodů by mohlo být ředění vzorku nad limit detekce použitého testu.

vzhledem k tomu, že PCR-pozitivita je funkcí čisté virové zátěže ve sdruženém vzorku, chápeme, že úspěch strategie sdružování jako citlivého screeningového nástroje by závisel na počtu infikovaných pacientů v bazénu a virové zátěži v jednotlivých vzorcích. I když je pravděpodobné, že bude ovlivněno faktory specifickými pro hostitele, jako je imunitní kompetence, komorbidity a věk, první z nich bude pravděpodobně odrazem prevalence infekce v komunitě. Zatímco společné testování vzorků nabízí výhodu efektivity nákladů a včasného podávání zpráv, strategie se stává méně užitečnou v komunitách, kde je prevalence nemoci vysoká. Se zvýšenou prevalencí, počet pozitivních bazénů se pravděpodobně zvýší a více bazénů je třeba dekonvoluted pro identifikaci pozitivních jedinců negujících výhody, jako je úspora nákladů a času. Kromě toho se zvýšením prevalence onemocnění klesá NPV diagnostického testu na onemocnění, což vede k vyšším falešně negativním výsledkům. Na základě tohoto předpokladu Národní rady navrhly testování 5 skupin vzorků pro COVID-19. v komunitách s prevalencí až 5% . Naše data však odrážejí nedostatek robustního vztahu mezi bývalým faktorem a hodnotou Ct sdruženého vzorku; tím pádem, což znamená větší roli virových titrů v jednotlivých vzorcích při ovlivňování výsledků PCR. Relativně nízká citlivost a výsledná negativní prediktivní hodnota strategie souhrnné analýzy vzorků naznačují její slabost jako účinného screeningového nástroje při spolehlivém „vyloučení“ diagnózy COVID-19. V naší studii vedl souhrnný odběr vzorků k falešně negativním výsledkům u 4 z 545 pacientů; všichni byli přímými kontakty v domácnosti známých pacientů s COVID-19 a dva z nich byli klinicky symptomatičtí s kašlem, bolestmi v krku a horečkou. Přestože jsou klinicky a epidemiologicky sugestivní, tři z těchto 4 pacientů měli hodnoty Ct nad 34; což naznačuje, že souhrnná analýza pravděpodobně vynechá detekci vzorků s nízkou virovou zátěží. Tyto případy detekce zmeškaných případů představují riziko přenosu infekce komunitou z nezjištěných zdrojů.

dřívější studie hodnotící užitečnost souhrnného testování vzorků pro dohled nad virem bovinního virového průjmu a virem reprodukčního a respiračního syndromu prasat prokázaly, že citlivost testů RT-PCR se snížila při spuštění na shromážděných vzorcích v důsledku ředicího účinku . V nedávno publikované studii Lohse et al., prokázal, že sdružování až 30 vzorky by mohly detekovat Gen E a Gen S a rozdíl mezi hodnotami Ct jednotlivého pozitivního vzorku a sdruženého vzorku byl až 5. Jedním z důvodů citovaných autory, proč ve sdruženém testu nechyběl pozitivní individuální Vzorek, by mohly být vysoké virové titry pozitivních jednotlivých vzorků, protože Ct jednotlivých vzorků se pohybovalo od 18 do 30. Jednotlivé vzorky s hodnotou Ct 34 byly v této studii detekovány jako pozitivní, protože autoři použili mezní hodnotu 45 .

z 93 poolů vytvořených ze vzorků, které byly při individualizovaném testování negativní, bylo 92 negativních při sloučené analýze a jeden pool pozitivní S Ct 33,3 pro Gen Orf1ab. Při dekonvoluci byl však každý z 5 základních vzorků v této skupině negativní. Zjistili jsme, že tento fond se skládá ze 3 pacientů s těžkou akutní respirační infekcí. Domníváme se, že nespecifické inhibitory amplifikace PCR, co-habiting virového genomového cíle u kteréhokoli z těchto pacientů, mohl potlačit amplifikaci nízkoúrovňového virového cíle v jednotlivých vzorcích nad detekovatelný práh. Sdružování vzorků by mohlo potenciálně zředit tyto inhibitory a vést k detekovatelnému signálu s relativně zpožděným Ct na poled analýze. V nedávné studii Hogan a spolupracovníci provedli podobné pozorování při posuzování užitečnosti souhrnné strategie testování vzorků k detekci komunitního přenosu SARS-CoV-2 v San Francisco Bay Area, CA, USA. Jeden z bazénů byl ve své studii pozitivní, nicméně, po dekonvoluci všechny jednotlivé vzorky byly negativní .

naše studie trpěla několika omezeními. Kromě relativně malé velikosti vzorku, jak je uvedeno výše, the 3 okresy neměly podobnou prevalenci pozadí. Proto diagnostické charakteristiky, jako jsou pozitivní a negativní prediktivní hodnoty, budou pravděpodobně mezi okresy odlišné. Dále bylo ve studii provedeno sdružování po sobě jdoucích vzorků. Zatímco rodinní příslušníci infikovaných případů byli pravděpodobně zahrnuti do stejné skupiny, což mohlo snížit možnost falešně negativních výsledků. přijetí strategie náhodného sdružování by mohlo vést k odlišnému podílu infikovaných jedinců v bazénech, jejichž účinek nebyl ve studii zkoumán. Neměli jsme také bazény, ve kterých by více infikovaných vzorků mělo hodnoty Ct ≥ 34, a proto nebylo možné posoudit diagnostický výkon těchto bazénů.

proto jsme dospěli k závěru, že ačkoli strategie sdružování by mohla být alternativou v prostředích omezených zdroji s ohromenou laboratorní infrastrukturou, její přijetí by mohlo postrádat detekci bazénů s jedinými infikovanými jedinci s nízkou virovou zátěží. Naše studie, která je pravděpodobně první zprávou o sdruženém testování v oblastech zažívajících časnou fázi vzniku ohnisek COVID-19, ukazuje, že 15.Tato strategie by mohla chybět 4% infikovaných bazénů. Proto se doporučuje, aby přijetí strategie sdruženého testování vzorků jako nákladově efektivního screeningového nástroje pro včasné omezení přenosu v nově se objevujících ohniscích bylo přizpůsobeno prevalenci COVID-19 v dotyčné zeměpisné oblasti.

Napsat komentář

Vaše e-mailová adresa nebude zveřejněna.